Einführung in die Systembiologie
Informationen
- Vorlesung: Mittwochs 10:00 bis 12:00
Raum: SR 403
Dr. Fleck - Übungen: Freitags 13:00 bis 17:0
Raum: CIP-Pool Rechenzentrum, Mathematisches Institut
Dr. Fleck, Jonas Pleyer
Inhalt
Die Vorlesung gibt einen Überblick über ausgewählte Methoden der Systembiologie und deren Anwendung auf konkrete biologische Fragestellungen.
- Geschichte der Systembiologie
- Dynamische Systeme
- Chemische Reaktionsnetzwerke
- Nichtlineare dynamische Systeme (Stabilität, Bifurkation)
- Kontrolltheorie
- Metabolische Netzwerke
- Maschinelles Lernen (Supervised, Un-supervised Learning)
In den begleitenden Übungen werden konkrete Beispiele behandelt. Dabei geht es um analytische Methoden, aber insbesondere um die numerische Behandlung mittels der Python. Es werden keine Vorkenntnisse in Programmierung vorausgesetzt.
Ilias Passwort wird in der ersten Übung am 29.04.2022 bekanntgegeben.
Skript
Übungen
- Übungen finden immer Freitags von 13 bis 17 Uhr im CIP-Pool des Rechenzentrums statt.
- Infomaterialien können auf der Github-Seite heruntergeladen werden.
Software
Um Software zu installieren, bitte die beschriebenen Schritt der jeweiligen Websites befolgen. Wenn eine Linux Distribution verwendet wird, bitte den beinhalteten Paketmanager (zB. apt, pacman, dnf ...) verwenden.
- Python https://www.python.org/
- Spyder https://www.spyder-ide.org/
- Jupyter Notebook https://jupyter.org/
Das Rechenzentrum der Universität Freiburg bietet gut ausgestattete PCs mit denen die Übungen absolviert werden können, sollte die eigenen Hardware nicht ausreichen.
Literatur
- Susanne Knies, „Mathematik für Studierende der Naturwissenschaften I + II"
- Systems Biology: A Textbook, Wiley-Blackwell, 2016
- Mathematical Models in Biology, SIAM, 2005
- Python for Scientists, Cambridge University Press, 2017
- Das Python-Tutorial
